• 19 Сентября 2024, 00:00:04


Автор Тема: ДНК-анализ происхождения сортов. Реальность или статистическая фантазия?  (Прочитано 758 раз)

0 Пользователей и 1 Гость просматривают эту тему.

Онлайн Маршал

  • Сергей
  • Ветеран
  • *****
  • Спасибо
  • -Дано: 4742
  • -Получено: 3701
  • Сообщений: 814
  • Рейтинг: 3700
  • ДНР, РФ
Сегодня в очередной раз случилось это. Не выдержал.
Смотрю сорта для виноделия, перехожу по ссылке на Тавроси, оттуда на Камрают, у него сначала родители какие в институте были записаны - Адиси x (Амурский x Черный сладкий) , а в конце добавочка - "фактически по ДНК-маркерам родители сорта - Адиси × Пти Буше".
Было бы это единичное явление, ну и ладно. Но это далеко не первый случай, фактически почти в каждом десятом просмотре встречается такая сноска, ставящая под сомнение добросовестность и аккуратность селекционеров.  Ну когда разбирают ГПП, выведенные в позапрошлом веке, подумаешь, чего только не бывает, типа давно и неправда. Да какая у них там методика была, неизвестно. Но и современные сорта подвергаются таким метаморфозам. На самом деле и в давние времена точность записей была единственным способом понять направление движения. И тогда к этому относились как бы не с большей ответственностью.
По этому поводу вспоминаются наши ботсадовские постоянные дебаты по поводу изоферментного анализа (предшественника прямого анализа ДНК). В смысле насколько он показателен в отношении разделения массива популяций на виды, подвиды и прочие категории. Так там обычно десяток и более ферментов анализировались, и в большинстве значительное количество локусов было. Тем не менее при сравнении с полным набором аналогичных признаков сомнения возникали.
Например изучалась сосна меловая. Она позиционировалась разными авторами то как подвид с. обыкновенной, то как отдельный вид. Ну и периодически по анализам выходило то одно, то другое. При этом по методике даже уровень достоверности определяется, то есть 0.95 хотя бы нужно.
Вот и в ДНК-маркерах, по полдюжине точек, что-то типа локусов или ферментов (по аналогии если). Опять же по сравнению с общим количеством локусов это капля в море. Если это именно маркеры, то какая их маркерная ценность, как это определяли. Для этого по идее надо было все  генотипы сортов (ну ладно, хотя бы репрезентативную выборку сортов) перебрать и выделить дающие достоверные различия во всех случаях. А не взять несколько локусов по принципу широкого варьирования, возможно не связанного даже с сортовой изменчивостью, а модифицируемых экотопически или иными способами и анализировать только их.
И где там вообще достоверность полученных результатов дается. Ни разу не видел.
К сожалению, как у любого научного сотрудника, времени изучать новую сферу знаний (при нынешних бюрократических методах руководства наукой (количество публикаций без учета значимости достижений и т.п.)) чисто из любопытства не остается. Да и интереса нет. У нас тут аспирант есть, хочет по космическим снимкам растительность изучать, посмотрим, что из этого выйдет, кроме самых очевидных выводов. Вот тоже разбираться особого желания нет, а по полученным выводам оценить можно будет.
 Так вот по днк-анализу винограда пока ситуация видится так: полученные выводы часто противоречат имеющимся фактам. Для меня не очевидно, что дорогое оборудование и сложный анализ обеспечивает большую точность факта, кто родители сорта, чем записанные простым карандашом на бумаге прямые данные селекционера.
С приветом из Донецка!

Оффлайн Евгений Родимин

  • Ветеран
  • *****
  • Спасибо
  • -Дано: 2748
  • -Получено: 9805
  • Сообщений: 2781
  • Рейтинг: 9811
  • Москва
, фактически почти в каждом десятом просмотре встречается такая сноска, ставящая под сомнение добросовестность и аккуратность селекционеров. 
Даже самый добросовестный селекционер не может гарантировать, что в момент опыления, за те несколько секунд, что снимается изолятор, на пестик не попадет чужая пыльца. Учитывая, что это могло случаться и с другими предками, гарантировать на 100% чистоту невозможно.

А можно попросить ссылку на реестр, где указаны родители Адиси. Я не нашёл.

Онлайн Маршал

  • Сергей
  • Ветеран
  • *****
  • Спасибо
  • -Дано: 4742
  • -Получено: 3701
  • Сообщений: 814
  • Рейтинг: 3700
  • ДНР, РФ
Так у Адиси неизвестны, сеянец аборигенного сорта только пишут. Неплохой сорт, попробовать правда не успел, но по устойчивости  не выделяется среди других, хоть и винифера. На неукрытой части заплодоносила. И гроздочка приятная, не мелкопинчатая. 
А я по Кармраюту в последний раз наткнулся на такое. Да, может иногда пыльца проскочить. Но нельзя говорить так безапелляционно, что нет, родители такие-то на самом деле. Даже когда у людей устанавливают родство, и там ставится вероятность того, что кто-то родитель, кто-то брат и т.п.
А так это больше какое-то псевдонаучное учение напоминает. Типа полимерщика Клесова, который все антропологические проблемы порешал.
С приветом из Донецка!

Онлайн Маршал

  • Сергей
  • Ветеран
  • *****
  • Спасибо
  • -Дано: 4742
  • -Получено: 3701
  • Сообщений: 814
  • Рейтинг: 3700
  • ДНР, РФ
Вот еще, Каберне Дорио, не такой давний сорт, а потом Кармерер, но только тут уже и днк анализ дает противоречивые результаты.
1. (Каберне-Совиньон x Дорнфелдер)*
*По данным оригинатора, согласно анализа ДНК родители сорта: (Блауфранкиш x Дорнфелдер).
2.Согласно одному исследованию родители Карменер - (Гро Каберне х Каберне фран), по другому - (Moural х Каберне фран).
и Каберне Дорса туда же:
(Дорнфелдер x Каберне-Совиньон)*
*По данным оригинатора, согласно анализа ДНК родители сорта: (Блауфранкиш x Дорнфелдер)
С приветом из Донецка!

Онлайн Маршал

  • Сергей
  • Ветеран
  • *****
  • Спасибо
  • -Дано: 4742
  • -Получено: 3701
  • Сообщений: 814
  • Рейтинг: 3700
  • ДНР, РФ
Очередное открытие. Шасла империал "Получен К. Оберлином от скрещивания сортов Португизер и Ласка.
По данным ДНК-анализа, родительской парой являются сорта Азери (Aseri) и Онден блан."  Тут даже ни один родитель не совпадает. То есть автор тупо придумал скрещивание на непонятно откуда взятые семена? Ну бывает у любителей, купил в поездке на юга гроздь на рынке, семечки наплевал, выросло непонятно что. Но специально занимающиеся селекцией обычно не тратят времени на такое, своих сеянцев полно.
Или же при внутривиниферной селекции и не такое было возможно, кто нибудь читал жизнеописания зарубежных селекционеров, насколько научным был их подход? А то я только Мичурина помню, у него посерьезнее все.
С приветом из Донецка!

Оффлайн Агрызков Алексей

  • Модератор форума
  • *****
  • Спасибо
  • -Дано: 14726
  • -Получено: 22770
  • Сообщений: 3916
  • Рейтинг: 22808
  • Ст-ца Вёшенская Ростовская область
Ну бывает у любителей, купил в поездке на юга гроздь на рынке, семечки наплевал, выросло непонятно что. Но специально занимающиеся селекцией обычно не тратят времени на такое, своих сеянцев полно.
Бербанк именно так картофель и вывел, был в полях Массачусетсе собрал семена с одного куста, посеял и отобрал лучшие и вуаля известный сорт "Burbank" (*50% производимого в США картофеля) ))))))) Думаю в те года. часто практиковалось,  кто отобрал, выделил  - тот и создал сорт.
Все что написано выше, является моим личным мнением и ни в коей мере не претендует на истину в последней инстанции.
С уважением, Алексей

Онлайн Маршал

  • Сергей
  • Ветеран
  • *****
  • Спасибо
  • -Дано: 4742
  • -Получено: 3701
  • Сообщений: 814
  • Рейтинг: 3700
  • ДНР, РФ
https://vinograd.info/stati/chto-takoe-molekulyarnaya-ampelografiya.html
Ну вот и статья нашлась, популярно, но более понятно излагающая основы подхода. "Молекулярная ампелография включает анализ нескольких типов маркеров на ДНК, которые позволяют с уверенностью дифференцировать сорта винограда:
микросателлиты (ядерные и хлоропластические) или SSR (простые повторы последовательности): это короткие последовательности ДНК, образованные в результате повторения (до 20–30 раз) единиц из 2,3 или 4 оснований (например, CA или GAT);
индели (Indels), которые представляют собой инсерционные или делеционные мутации коротких последовательностей ДНК;
мобильные элементы или переносные элементы, иногда также называемые «прыгающими генами». Их движения могут быть активированы стрессом и определенными факторами окружающей среды. Подвижность этих элементов является источником мутаций и, следовательно, генетической изменчивости и эволюции. Здесь различают ретротранспозоны, которые распространяются в режиме «скопировать и вставить», и транспозоны, которые перемещаются в режиме «вырезать и вставить».
однонуклеотидный полиморфизм или SNP, которые касаются только одного нуклеотида. Это переход от одной базы к другой. Здесь различают переходы, которые представляют собой замены нуклеотидов в одном семействе (пуриновые или пиримидиновые), и трансверсии - превращение пурина в пиримидин и наоборот." Пределы применимости тут не очерчены, отмечено только, что клоны не различаются. Хотя использование ретротранспозонов позволило, но без полной уверенности. Учитывая используемые последовательности, весьма лабильные, полной уверенности не появилось, но в большинстве случаев метод, видимо, работает нормально. Возможно, для разных групп сортов надо подбирать определенные группы маркеров из перечисленных, чтобы получить надежный результат. На это нужны специальные исследования. То есть если у нас есть результаты по 178-196 маркерам (отфонарный пример), то для различения западно-европейской группы это то что надо, а для азиатов может оказаться по крайней мере неэффективным. То есть, как и всегда в науке, нужен человек, вполне разбирающийся в проблеме и осознающий пределы возможностей методов для правильной интерпретации полученных результатов. А не понимающий молекулярку будет механически перебирать имеющиеся цифирки и получит результат на уровне гипотезы о гибели динозавров от астероида.
С приветом из Донецка!