Даже не знаю что сказать...
Если система-таки установлена, значит флешка стартовала...
По скрину менеджера дисков (кажется так называется) практически ничего не могу прочитать.
Вот что могу объяснить: В начале каждого жесткого диска имеется Главная Загрузочная Запись - Master Boot Record. В ней есть табличка на 4 позиции, в которой описываются характеристики логических дисков или, можно сказать разделов данного физического диска.
Там записаны адреса начального и конечного секторов раздела и тип файловой системы каждого раздела.
С некоторых пор виндовс выделяет первый раздел под резервную копию установочного образа. Этот раздел помечается скрытым и используется для восстановления системы.
Второй раздел, у вас это Диск С, собственно установка системы. Его размер видимо был выбран инсталлятором по умолчанию.
Третий раздел, судя по серенькой штриховке, неразмеченная область. Кликните по ней в Диспетчере дисков левым глазом мышки, создайте раздел, если спросит и отформатируйте в HTFS.
Там, в третьем разделе будете размещать свои данные.
Такая разметка диска позволит при необходимости полностью переустановить систему, не затрагивая ваши данные в третьем разделе.
Так что никакой чехарды с дисками я у вас не наблюдаю.
PS:Третий раздел должен-бы получить букву D, но эту букву сейчас занимает CDпривод.
Не помню, как с этим обходится виндовс, но для определенности перед созданием раздела можно изменить букву CDпривода на любую более дальнюю. Тогда новый раздел получит свою честную букву D.
Чтобы меньше путаться потом, кроме буквы каждому диску можно приписать метку - SYSTEM, DATA, etc...
Если будете опять переустанавливать ОС, внимательно читайте сообщения инсталлятора.
Да, при установке вы можете удалить только первые системные разделы или все разделы диска и установить систему в любую желаемую область.
Еще раз повторю - система не может быть установлена на неразмеченный диск. Для неё обязательно нужно выделить раздел. Плюс, система создаст скрытый раздел для своих нужд.
Если устанавливать систему не на весь диск, а на радел, то оставшуюся часть затем можно объявить разделом и отформатировать средствами самой системы, без привлечения сторонних программ.
Успехов! Будут вопросы, не стесняйтесь, спрашивайте.